Vyťaženosť superpočítača Aurel

22. septembra 2017

Z výpočtového výkonu superpočítača Aurel, ktorý Výpočtové stredisko poskytuje svojim používateľom, je dlhodobo v priemere využitých takmer 100% a požiadavky používateľov stále rastú. Projektový výbor pre HPC, ktorý rozhoduje o prideľovaní výpočtových prostriedkov, musí opäť zvažovať upravenie pravidiel, aby sa výpočtový výkon delil čo najspravodlivejšie. Slovenský vedci vedia špičkový výpočtový systém naplno využiť a produkujú vďaka nemu výsledky na najvyššej svetovej úrovni.

SUMMER of HPC vo VS SAV

05. septembra 2017

I tento rok Výpočtové stredisko SAV privítalo na dvojmesačnú stáž dvoch nadaných PhD študentov – Andreas Neophytou z Anglicka /University of Birmingham/ a Adrián Rodríguez-Bazaga zo Španielska /University of La Laguna/, ktorí boli pod neustálym odborným dohľadom zamestnancov Výpočtového strediska z odboru VVT. Zavŕšením ich dvojmesačného snaženia bolo vytvorenie približne 5 minútovej prezentácie o projekte, ktorý im bol pridelený. Adrián Rodríguez Bazaga /č.2/ sa prezentoval s videom s názvom “Bridging the gap between HPC and Big Data” a Andreas Neophytou /č.3/ s prezentáciou “Modelling Nanotubes in Parallel”. Obe výborne pripravené prezentácie si môžete pozrieť na webovej stránke: www.youtube.com/summerofhpc.

Školenie sa organizuje pod záštitou paneurópskej organizácie PRACE. Podrobnejšie informácie ohľadom projektu Summer of HPC nájdete na týchto webových stránkach:
summerofhpc.prace-ri.eu
www.facebook.com/SummerOfHPC

Aurel zvyšuje produktivitu slovenských vedcov

30. augusta 2017

Jedným z hlavných výstupov vedeckej práce sú vedecké (odborné) články uverejňované vo vedeckých časopisoch. Vedecké články popisujú nové poznatky a vedomosti, sú recenzované nezávislými hodnotiteľmi a publikované v časopisoch s pravidelnou periodicitou. Vedecké články slúžia vedeckej komunite ako primárny zdroj, umožňujú vedcom prístup k novým informáciám a myšlienkam, posúvajú hranice vedeckého bádania.

S pomocou superpočítača Aurel už vzniklo 75 kvalitných vedeckých článkov, z ktorých bolo mnoho publikovaných aj vo veľmi prestížnych zahraničných vedeckých časopisoch. Všetky uvádzajú projekt SIVVP a Výpočtové stredisko SAV aj v poďakovaniach. Kompletný zoznam vedeckých výstupov dosiahnutých v spolupráci s Výpočtovým strediskom SAV nájdete na stránke http://vs.sav.sk/publications/. Za zmienku stoja napríklad dva články uverejnené v časopise Nature, ktorý patrí medzi najprestížnejšie multidisciplinárne vedecké časopisy na svete, ktoré sa zaoberajú prírodnými vedami. Treba si uvedomiť, že aj veľmi produktívni vedci uverejnia len niekoľko článkov ročne a presadiť sa v medzinárodnej vedeckej konkurencii naozaj nie je jednoduché. Superpočítač Aurel a projekt SIVVP umožňujú slovenským vedcom robiť vedu na najvyššej úrovni.

FOTO: Ing Pavol Novak

PRACE winter school 2016

11. februára 2016

V dňoch 25. až 28. januára 2016 sa konal workshop PRACE Winter School 2016 v Bratislavskom areáli SAV na Patrónke, organizovaný Výpočtovým strediskom SAV. Misiou organizácie PRACE (Partnership for Advanced Computing in Europe) je poskytovať výpočtové technológie na svetovej úrovni a podporovať tak konkurencieschopnosť európskeho výskumu (http://www.prace-ri.eu/). Sezónne workshopy PRACE slúžia na vymieňanie poznatkov medzi HPC expertami a používateľmi z celej Európy. Pozostávajú z prednášok, diskusií a praktických ukážok práce s vysokovýkonnými výpočtovými technológiami.

Hlavnou témou PRACE Winter School 2016 bola teória funkcionálu hustoty (Density Functional Theory – DFT). Účastníci preberali znalosti a skúsenosti o paralelnej implementácií DFT algoritmov, ako aj možnostiach využitia DFT softvérových balíkov v HPC aplikáciách. Prednášajúci boli vybratí spomedzi vývojárov štyroch známych DFT programových balíkov (Turbomole, VASP, CPMD a Terachem) vhodných pre široké využitie v chémií, fyzike a biológií. Prednášky sa tiež týkali paralelného programovania v prostrediach MPI/OpenMP a GPGPU/Intel Xeon Phi (MIC).

  

  

Prednášky a praktické cvičenia sa konali v novej budove QUTE pavilónu fyzikálneho ústavu SAV za účasti expertov z celého sveta.

  

Obedy a večere pre hostí sa konali v budove Výpočtového strediska SAV. Workshop bol aj príležitosťou rozvíjať vzťahy medzi používateľmi.

  

Súčasťou wrokshopu boli aj cvičenia, kde si účastníci mohli získané vedomosti vyskúšať v praxi. Spoluorganizátorom podujatia bolo IT4I – IT for Innovations, VŠB – Technická Univerzita v Ostrave, ktorá okrem iného poskytla výpočtové prostriedky pre GPGPU/MIC praktickú časť.

FOTO: Ing Pavol Novak

Výzva na predkladanie projektov na využívanie superpočítača Aurel v roku 2016

16. decembra 2015

Projektový výbor pre vyskovýkonné počítanie na SAV (PV HPC) otvára výzvu pre predkladanie projektov na využívanie superpočítača Aurel v roku 2016. Do výzvy sa môžu zapojiť všetci pracovníci akademických inštitúcií na Slovensku. Uzávierka 1. kola výzvy na rok 2016 bude k 15.1.2016, s vyhodnotením do 31.1.2016. Viac informácií môžete nájsť na stránke http://www.register.sivvp.sk/sk/node/392.

HPC Workshop 2014

30. januára 2015

V dňoch 18. – 20. novembra sa konal tretí ročník High-Performance Computing Workshopu v priestoroch Výpočtového strediska SAV. Cieľmi workshopu bolo informovať o dostupnosti a využívaní výpočtových prostriedkov SIVVP, podporovať výmenu názorov a skúseností medzi používateľmi z ústavov SAV a slovenských univerzít a prehĺbenie spolupráce medzi používateľmi a odborníkmi z IBM a VS SAV. Tohtoročný workshop bol aj čímsi výnimočný. V prvom dni mu predchádzalo slávnostné otvorenie rozšírenia superpočítača AUREL a v poobedňajšom programe vyžiadaných prezentácií a prednášok sme si okrem našich špičkových používateľov mali možnosť vypočuť aj pozvaných zahraničných hostí, doktora Jane Ignatiusa – projektového riaditeľa, z Computing Research Infrastructures – Fínsko, ktorý nám odprezentoval model HPC vo Fínsku a so slovami uznania nám na záver prednášky poprial do ďaľšieho obdobia veľa úspechov. Ďalej, doktora Miroslava Rangelova z Institute of Organic Chemistry with Centre of Phytochemistry – Bulharskej akadémie vied, doktora Macieja Remiszewskeho – riaditeľa Development & Collaboration, ICM Varšavskej univerzity a Ricka Newmana – riaditeľa Server Solution Sales, IBM Central & Eastern Europe, ktorý nám odprezentoval zaujímavú prednášku na tému projektu Watson.

  

Otvorenia rozšíreného superpočítača AUREL sa zúčastnili aj minister školstva, vedy, výskumu a športu Peter Pellegrini a predseda SAV Jaromír Pastorek, ktorí otvorili workshop svojimi príhovormi.

Súčasťou workshopu bol aj krst nového časopisu Výpočtového strediska SAV zameraného na vysoko výkonné počítanie “HPC Focus”. Časopis pokrstil náš hosť z Fínska Janne Ignatius.

  

Prvý deň workshopu bol zavŕšený prednáškami domácich i zahraničných expertov, ktorý hovorili o využívaní HPC technológií, príkladoch úspechov dosiahnutých aj vďaka superpočítaču AUREL ako aj o možnostiach medzinárodnej spolupráce napr. prostredníctvom organizácie PRACE.

Druhý deň workshopu bol vyplnený prezentáciami odborníka na IBM Power 775 Cristiana Malossiho. Prednášal o efektívnom využívaní superpočítača, dostupných nástrojoch a užívateľskom prostredí.

Posledný deň workshopu sa konal rýchlo kurz paralelného programovania pod vedením zamestnancov VS SAV. Používatelia sa dozvedeli ako paralelizovať svoje programy pomocou knižníc OpenMP a MPI.

Viac informácií môžete nájsť na stránkach workshopu: hpcworkshop.sav.sk

FOTO: Ing. Michal Kadúc, Ing Pavol Novak

Rozšírenie superpočítača Aurel

19. augusta 2014

Na Výpočtovom stredisku SAV začala druhá etapa projektu SIVVP, ktorá prináša rozšírenie superpočítača o ďalší supernód a internú diskovú policu. Z tohto dôvodu Superpočítač Aurel nebude k dispozícii od 2. augusta do (približne) 30. septembra 2014. Momentálne sa realizujú práce na infraštruktúre (elektrické siete, chladiaci systém, …). V priebehu septembra sa bude nový systém inštalovať po softvérovej stránke. Dostupnosť užívateľských dát počas tohto obdobia bude zabezpečená prenesením na výpočtový klaster v Žiline. Rozšírenie Aurela poskytne užívateľom ďalších 1024 výpočtových jadier, zatiaľ čo interné disky umožnia rýchlejší prístup k dátam.

Zároveň s rozšírením prebehlo niekoľko opráv. Bolo nutné vymeniť niekoľko procesorov a sieťových komponentov, ktoré hlásili chyby.

Druhý rack superpočítača bol opäť príliš veľký a ťažký na to, aby sa zmestil cez hlavný vchod Výpočtového strediska. Znova bolo nutné vybúrať zadnú stenu sály.

Práce na rozširení chladiaceho systému a inštalácia novej klimatizácie.


Takto vyzerá nový (ešte stále zabalený) rack Aurela vedľa starého. Rozbalenie, zapojenie do chladiaceho systému a inštalácia softwaru prebehne v septembri.

Foto: Ing. Pavol Novak, DATALAN a. s.

Druhý ročník High-Performance Computing Workshopu v Smoleniciach

15. novembra 2013

V dňoch 11. – 13. novembra sa konal druhý ročník High-Performance Computing Workshopu v priestoroch Smolenického zámku. Cieľom workshopu bolo stretnutie a výmena skúseností s terajšími aj perspektívnymi používateľmi superpočítača AUREL. Hlavnými témami prednášok boli používateľské prostredie a software, paralelné programovanie a optimalizácia, vzdialený prístup a nástroje, ale aj príklady praktického využitia HPC.


Konferencia prebehla za hojnej účasti domácich aj zahraničných užívateľov.

Úvodné prednášky riaditeľa Výpočtového strediska SAV Ing. Tomáša Lacka (vľavo) a Macieja Remiszewskieho (vpravo).

Hlavným prednášajúcim bol odborník na hpc software a výskum firmy IBM, Zaphiris Christidis.

Zamestnanci Výpočtového strediska SAV odpovedali na otázky užívateľov a pomáhali pri riešení ich problémov.

Pozvánka a program konferencie

FOTO: Ing. Michal Kadúc

Registračný portál SIVVP

05. novembra 2013

Do prevádzky bol spustený registračný portál pre užívateľov SIVVP na adrese www.register.sivvp.sk. Registračný portál slúži na registráciu a správu užívateľov, ktorí majú záujem o pridelenie výpočtových zdrojov SIVVP. Je dôležitým bezpečnostným a administratívnym nástrojom pri overovaní identity užívateľov a spravodlivom prideľovaní výpočtového času.

Schválený užívatelia môžu prostredníctvom stránky vytvárať projekty, na ktoré im bude prideľovaná priorita vo fronte úloh. Široká verejnosť sa tu môže dozvedieť aké projekty užívatelia SIVVP riešia. Stránka tiež obsahuje sekciu s návodmi a kontaktné údaje všetkých partnerov SIVVP.

Aurel privítal delegáciu detských študentov

17. septembra 2013

Spoločnosť DATALAN, divadlo Aréna a Výpočtové stredisko Slovenskej akadémie vied priniesli študentom Detskej Univerzity Komenského (DUK) príležitosť nazrieť do sveta špičkových technológií. V budove VS SAV sa konal dvojdenný IT workshop, na ktorom sa deti zoznámili s Aurelom, prvým slovenským superpočítačom a jeho predchodcami.

Populárna Detská Univerzita Komenského prináša detským študentom každoročne okrem inšpiratívnych prednášok aj praktické workshopy. V minulom roku patril k najlepšie hodnoteným práve IT workshop, ktorý prilákal množstvo detí aj tento rok. Vo Výpočtovom stredisku SAV sa deti zoznámili so supermoderným Aurelom – 1. slovenským superpočítačom, ktorý patril v čase implementácie medzi TOP 500 najvýkonnejších zariadení na svete. Po plánovanom rozšírení očakávame jeho opätovné zaradenie v rebríčku TOP 500. Odborníci im ukázali, ako superpočítač pracuje, čo všetko potrebuje na to, aby podal svetový výkon, a prečo je 3000-krát lepší ako bežný počítač. Medzi hlavnými prednášajúci boli Ing. Tomáš LACKO (riaditeľ VS SAV), Ing. Marek PAŠČÁK (člen predstavenstva a obchodný riaditeľ DATALAN) a Prof. Jozef NOGA, DrSc (SAV). Deti po budove a pri prehliadke superpočítača sprevádzali zamestnanci VS SAV RNDr. Gabriela Obadalová a Bc. Blažej Vučkovski a priestormi stálej výstavy dejín výpočtovej techniky Ing. Štefan Kohút.

Využitie superpočítača je naozaj široké: vedecké kruhy, univerzitné projekty, výskumy v oblasti farmaceutického priemyslu, astronómie, biochémie, kozmický výskum, výskum materiálov, kvantová fyzika, fyzikálna chémia, biochémia, medicína, virológia, ale aj predpoveď počasia. „Superpočítač sa zúčastňuje projektov, ktorých výsledky sa rýchlo dokážu odzrkadliť aj na kvalite nášho každodenného života,“ uviedol Tomáš Lacko, riaditeľ Výpočtového strediska SAV. „Vďaka jeho výkonu, a zapojeniu kvalitných odborníkov môžeme posunúť vedu, výskum a školstvo na Slovensku o veľký kus vpred.“

Pre deti bola pripravená aj ukážka programovania s 3D výstupmi, virtuálne zobrazovanie vedeckých výsledkov, či vytvorenie vlastnej hry. Zároveň spoznali Aurelových predchodcov ako napríklad slovenský paralelný počítač z roku 1987, ktorý mal až 2048 procesorov!

Detská Univerzita Komenského už tretí rok umožňuje deťom získať diplom absolventa aj z pohodlia domova. Ako sa aj v oficiálnej tlačovej správe spoločnosti DATALAN uvádza, na DUK Online sa študuje aj cez internet, pričom štúdium je určené pre deti vo veku od 9 do 14 rokov, ktoré chcú stráviť prázdniny za počítačom užitočne. Do aktuálneho ročníka sa prihlásilo viac než 220 detí z celého Slovenska. Okrem IT workshopu prináša DUK študentom aj príležitosť navštíviť NR SR a vyspovedať poslancov na Hodine otázok, a tiež šancu zapojiť sa do súťaže Hlas ľudu, v ktorej deti inšpirujú výskumníkov a vedcov. Súťaž organizuje o.z. SOVVA v rámci Festivalu vedy a okrem atraktívnych cien môžu deti vyhrať aj týždennú stáž v Slovenskej akadémii vied.

Zdroj, FOTO: DATALAN a. s.