Počet jadier
4096
Partnerské inštitúcie projektu SIVVP svojim používateľom poskytujú rôznorodý softvér. Softvérové vybavenie je priebežne rozširované podľa požiadaviek používateľov. Tu nájdete zoznam výpočtových softvérov poskytovaných jednotlivými partnermi projektu.
Žilinská Univerzita Slovenská Technická Univerzita v Bratislave Technická Univerzita v Košiciach Ústav Experimentálnej Fyziky SAV v Košiciach Ústav Informatiky SAV v Bratislave Univerzita Mateja Bela v Banskej BystriciDomov — o hpc
High performance computing (HPC) alebo vysoko výkonné počítanie (VVP) znamená využívanie (super)počítačov a počítačových klastrov na riešenie numericky alebo dátovo náročných úloh z rôznych odvetví vedy a techniky. Príkladom sú aplikácie v medicíne (genetika, „in silico“ dizajn liečiv, …), vo fyzike (meteorologické a klimatické modely, jadrová a časticová fyzika, …), v chémii (vlastnosti atómov a molekúl, korelácia medzi štruktúrou a reaktivitou, ….) ale aj v ekonomike (risk investícii, rast akcií, …) a v mnohých ďalších odvetviach.
Za superpočítače sú považované systémy, ktoré svojím výkonom vysoko prevyšujú bežné, osobné počítače. Na meranie výpočtového výkonu sú používané rôzne štandardizované testy akým je napríklad LINPACK (LINear equations software PACKage) benchmark. Jednotkou výpočtového výkonu počítačov je Flop (počet operácii s plávajúcou desatinnou čiarkou (floating point) za sekundu). Moderné superpočítače dosahujú výkony na úrovni terraFlopov (10^12) až petaFlopov (10^15). Agregátny výpočtový výkon je ovplyvnený aj ďalšími parametrami, akými sú oneskorenie a priepustnosť dátových sietí, prostredníctvom ktorých procesory alebo uzly superpočítača komunikujú, oneskorenie a priepustnosť komunikácie s úložiskom dát a pod. Všetky tieto parametre determinujú škálovateľnost, čiže efektivitu tzv. paralelných výpočtov využívajúcich viac uzlov, procesorov resp. jadier súčasne.
Trendom v modernom VVP je už spomenuté paralelné počítanie. V súčasnosti už jasne dominuje viacuzlová, viacprocesorová resp. viacjadrová architektúra superpočítačov, pričom jednotlivé výpočtové jednotky spolu komunikujú a ako celok poskytujú agregovaný výkon. Ich vzájomne prepojenie je realizované vysoko rýchlostnou sieťou, ako je napr. Infiniband alebo 10Gb/s ethernet, reps. inou dedikovanou sieťou. Architektúry takéhoto typu je možné (aspoň teoreticky) škálovať do obrovských rozmerov, pričom limitujúcimi faktormi sú spotreba elektrickej energie, chladenie a priestorové možnosti miesta inštalácie.
Medicína
Fyzika
Chémia
Ekonomika
Výpočtový klaster sa skladá z viacerých počítačov, pospájaných vysokorýchlostnou lokálnou sieťou, ktoré spolupracujú aby sa navonok javili ako jednoliaty systém. Klastre sa kvôli svojej cenovej efektivite obvykle používajú hlavne na zvýšenie výkonu a dostupnosti. Pre svoje fungovanie využívajú software, ktorý umožňuje vysokovýkonné distribuované počítanie. Výkonnosť klastrov je často ďalej zvyšovaná grafickými akcelerátormi. Vysoká dostupnosť (HA – high availability) sa dosahuje redundanciou niektorých zdrojov klastra a zaručuje jeho nepretržité fungovanie aj v prípade, že niektorý z týchto komponentov zlyhá.
Systém: IBM dx360 M3
Počet výpočtových uzlov: 46
Procesor: 2x 6 jadrový Intel Xeon X5640 @2,27GHz
Pamäť: 96GB
Subsystém pevných diskov: 2 x 500GB
Výpočtová sieť: 40Gb/s Infiniband
Operačný systém: Scientific Linux 6.3
2x NVIDIA Tesla M2070 6GB RAM, 448 CUDA jadier
Systém: IBM iDataPlex dx360
Počet výpočtových uzlov: 52
Procesor: 2x 6 jadrový Intel Xeon X5670 @2,93GHz
Pamäť: 48GB
Subsystém pevných diskov: 1x 2TB
Výpočtová sieť: 40Gb/s Infiniband
Operačný systém: Scientific Linux 6.4
2x NVIDIA Tesla M2050 6GB RAM, 448 CUDA jadier
Systém: IBM Blade system x HS22
Počet výpočtových uzlov: 24
Procesor: 2x 6 jadrový Intel Xeon X5640 @2,27GHz
Pamäť: 48GB
Subsystém pevných diskov: 500GB
Výpočtová sieť: 40Gb/s Infiniband, 10Gb/s Ethernet
Operačný systém: Scientific Linux 6.3
Systém: IBM Blade system x HS23
Počet výpočtových uzlov: 19
Procesor: 2x 8 jadrový Intel Xeon E5-2650 @2,6GHz
Pamäť: 64GB
Subsystém pevných diskov: 500GB
Výpočtová sieť: 40Gb/s Infiniband, 10Gb/s Ethernet
Operačný systém: Scientific Linux 6.3
Systém: IBM iDataPlex dx360 M3
Počet výpočtových uzlov: 2
Procesor: 2x 6 jadrový Intel Xeon X5640 @2,27GHz
Pamäť: 24GB
Subsystém pevných diskov: 2x 500GB
Výpočtová sieť: 40Gb/s Infiniband
Operačný systém: Linux
2x NVIDIA Tesla M2070 6GB RAM, 448 CUDA jadier
Systém: IBM iDataPlex dx360 M4
Počet výpočtových uzlov: 1
Procesor: 2x 8 jadrový Intel Xeon E5-2650 @2,6GHz
Pamäť: 64GB
Subsystém pevných diskov: 2x 500GB
Výpočtová sieť: 40Gb/s Infiniband
Operačný systém: Linux
1x NVIDIA Tesla K20 5GB RAM, 2496 CUDA jadier
Systém: IBM iDataPlex dx360 M3
Počet výpočtových uzlov: 56
Procesor: 2x 6 jadrový Intel Xeon X5640 @2,27GHz
Pamäť: 4GB
Subsystém pevných diskov: 2x 500GB
Výpočtová sieť: 40Gb/s Infiniband
Operačný systém: Linux
16x NVIDIA Tesla M2070 6GB RAM, 448 CUDA jadier
10x NVIDIA Tesla K20 5GB RAM, 2496 CUDA jadier
Systém: IBM iDataPlex dx360 M3
Počet výpočtových uzlov: 54
Procesor: 2x Intel E5645 @2,4GHz
Pamäť: 48GB
Subsystém pevných diskov: 2 x 500GB
Výpočtová sieť: 40Gb/s Infiniband, 10Gb/s Ethernet
2x NVIDIA Tesla M2070 6GB RAM, 448 CUDA jadier
Systém: IBM iDataPlex dx360 M4
Počet výpočtových uzlov: 8
Procesor: 2 x Intel E5-2670 @2,6GHz
Pamäť: 64GB
Subsystém pevných diskov: 2 x 500GB
Výpočtová sieť: 40Gb/s Infiniband, 10Gb/s Ethernet
2x NVIDIA Tesla K20 5GB RAM, 2496 CUDA jadier
Systém: IBM iDataPlex x3550 M4
Počet výpočtových uzlov: 1
Procesor: 1 x Intel E5-2640 @2,5GHz
Pamäť: 8GB
Subsystém pevných diskov: 2 x 500GB
Výpočtová sieť: 40Gb/s Infiniband, 10Gb/s Ethernet
Systém: IBM iDataPlex dx360 M3
Počet výpočtových uzlov: 24
Procesor: 2x Intel Xeon X5670 @2,93GHz
Pamäť: 48GB
Subsystém pevných diskov: 2 x 500GB
Výpočtová sieť: 40Gb/s Infiniband
Operačný systém: Linux
2x NVIDIA Tesla M2070 6GB RAM, 448 CUDA jadier
Systém: IBM iDataPlex dx360 M4
Počet výpočtových uzlov: 8
Procesor: 2x Intel Xeon E5-2670
Pamäť: 64GB
Subsystém pevných diskov: 2x 500GB + 2x 900GB
Výpočtová sieť: 40Gb/s Infiniband
Operačný systém: Linux
Systém: IBM iDataPlex dx360 M4
Počet výpočtových uzlov: 6
Procesor: 2x Intel Xeon E5-2670
Pamäť: 128GB
Subsystém pevných diskov: 2x 900GB
Výpočtová sieť: 40Gb/s Infiniband
Operačný systém: Linux
Systém: IBM iDataPlex dx360 M4
Počet výpočtových uzlov: 3
Procesor: 2x Intel Xeon E5-2670
Pamäť: 64GB
Subsystém pevných diskov: 2x 900GB
Výpočtová sieť: 40Gb/s Infiniband
Operačný systém: Linux
2x NVIDIA Tesla K20 5GB RAM, 2496 CUDA jadier
Počet jadier
4096
Celkové množstvo pamäte
12144GB
Celková kapacita pevných diskov
483.2TB
Massively parellel processing (MPP) znamená spúšťanie zložitých vedeckých výpočtov na viacerých výpočtových uzloch. Na rozdiel od klastrového počítania sú tieto uzly hustejšie integrované a lepšie optimalizované pre distribuované výpočty. Vyššia hustota a množstvo procesorov a rýchlejšie prepojenia medzi výpočtovými uzlami zabezpečujú lepšiu a rýchlejšiu komunikáciu medzi procesmi a vyšší agregovaný výkon. MPP je vhodné pre najzložitejšie vedecké výpočty s veľkým množstvom komunikácie medzi procesmi.
Systém: IBM Power 775
Počet výpočtových jadier: 4096
Pamäť: 32TB
Výpočtová sieť: 5-48GB/s Internal Optical Links, 10GB/s Ethernet prepojenie s úložiskom dát
Kapacita externého úložiska dát: 600TB
Kapacita interného úložiska dát: 300TB
Operačný systém: AIX
Aurel (IBM Power 775)
Shared memory processing (SMP) znamená používanie rôznych implementácii zdieľanej pamäte. Zdieľaná pamäť umožňuje viacerým procesom pristupovať do toho istého pamäťového priestoru, bez použitia siete. SMP úlohy sú obvykle spracovávané na jedinom výpočtovom uzle, kde sú rozdelené na vlákna a paralelizované medzi jednotlivé procesory. Z SMP architektúr ťažia hlavne úlohy, ktoré sú náročné na veľkosť a prístupnosť pamätí, a ktoré používajú paralelizmus na úrovni vlákien.
Typ 1
Systém: IBM Power 755/750
Počet výpočtových uzlov: 18
Procesor: 4x 8-jadrový Power7 3,3GHz
Pamäť na výpočtový uzol: 128GB
Subsystém pevných diskov: 6 x 600GB
Výpočtová sieť: 40GB/s Infiniband
Operačný systém: SUSE 11.3 Linux
Typ 2
Systém: IBM Power 755/750
Počet výpočtových uzlov: 2
Procesor: 4x 8-jadrový Power7 3,3GHz
Pamäť na výpočtový uzol: 256GB
Subsystém pevných diskov: 6 x 600GB
Výpočtová sieť: 40GB/s Infiniband
Operačný systém: SUSE 11.3 Linux
Typ 3
Systém: IBM Power 780
Počet výpočtových uzlov: 1
Procesor: 8x 8-jadrový Power7 3,3GHz
Pamäť na výpočtový uzol: 1024GB
Subsystém pevných diskov: 6 x 600GB
Výpočtová sieť: 40GB/s Infiniband
Operačný systém: SUSE 11.3 Linux